Stacja Włocławek przechodzi zmiany, które poprawiają komfort podróżnych. Zakończono modernizację peronu nr 2. Podwyższona konstrukcja ułatwia wsiadanie do pociągów. Na peronie stanęła 150-metrowa wiata, nawiązująca do nowego dworca. Chroni ona przed niesprzyjającą pogodą. Nawierzchnia jest antypoślizgowa i ma ścieżki naprowadzające dla osób niewidomych. Zainstalowano także ławki, gabloty, oznakowanie i oświetlenie LED.
Budowa windy na peron nr 2 wciąż trwa. Nowy system informacji pasażerskiej, w tym nagłośnienie i wyświetlacze, będzie gotowy do końca listopada 2023 roku.
W maju 2023 roku przebudowano peron nr 1. Wydłużono go do 300 metrów, co umożliwia obsługę pociągów dalekobieżnych. To poprawiło przepustowość stacji i ułatwiło ruch na trasie Kutno – Włocławek – Toruń.
Podróżni korzystają też z wyremontowanego przejścia podziemnego. Wymieniono okładziny, oświetlenie oraz dodano izolację i odwodnienie. Przejście ułatwia dostęp do kolei i łączy osiedle Południe ze Śródmieściem.
Koszt prac na stacji wynosi ponad 33 mln zł netto. Sfinansowano je ze środków budżetowych PLK S.A.